微阵列服务

ATGC的微阵列服务提供了一套完整的基因表达、基因分型和甲基化服务，有助于研究在人类、小鼠、大鼠和其他物种中基因组改变和基因转录调控的作用。

ATGC提供完整的微阵列服务，包括:

• RNA和DNA样品的质量检查
• 目标准备
• 杂交服务
• 影像服务
• 信号量化

支持的应用程序：

• 基因表达谱
• 微分析
• 单核苷酸多态性(SNP)基因分型、拷贝数变异(CNV)和杂合性缺失(LOH)

我们支持应用程序可以用来检测和地图染色体畸变和snp基因表达模式,识别DNA或RNA的两个种群之间的差异(即肿瘤和正常细胞的数量),确定治疗药物对基因组的影响及其对基因表达的影响,并确定基因改变基因表达模式的影响。

微阵列服务定价

微阵列服务提供了用于基因表达和SNP/基因分型分析的Affymetrix平台和用于SNP/基因分型和甲基化分析的Illumina平台。根据服务类型，初始样品质量控制(QC)和微阵列可以包括在样品加工成本中。完整的服务包括目标制备、杂交、成像和信号定量。调查人员可以要求完成微阵列处理或选择让设备执行部分服务。

微阵列服务的价格可参阅服务定价时间表。

生物信息学的援助

来自生物信息学共享资源的统计分析师每周提供一次，以协助新用户进行实验设计。工作坊于下午1至3时在FCT5.5049举行。

开始

该ATGC通过在线的iLab系统提供的芯片服务。用户帐户，项目提交和服务请求通过iLab的管理对MD安德森癌症中心用户。Non-MD安德森用户需要填写一个请求表单，并通过电子邮件将所需的PO号和授权签名发送给它。详情请与微阵列服务联络。

访问数据

微阵列服务生成的所有数据都通过机构服务器(gcgserv)存储和访问。乐动体育LDsports中国研究信息系统为每个主要研究人员创建一个微阵列数据文件夹以及用户名和密码，以访问主要研究人员和授权的实验室成员的数据。ATGC上传微阵列数据到首席研究员的微阵列数据文件夹。当数据准备好可以下载时，将通过电子邮件通知调查人员。微阵列数据将被复制到DVD上non-MD安德森用户。

请联系马里斯拉门多萨通过了iLab的系统相关的基因芯片服务和项目提交问题MD安德森以及用户提交的请求和示例non-MD安德森用户。

ATGC使用Affymetrix平台进行基因表达微阵列服务。

Affymetrix基因表达服务提供了三种类型的样品处理测定：

• 全转录+(优质总RNA，≥33 ng/ul)
• 整个转录微微（降解或FFPE总RNA，≤33纳克/微升）
• 3’ivt(总RNA 3’偏置试验)

基因表达微阵列服务的定价可在服务定价时间表。

人、小鼠、大鼠和其他真核生物可以利用这些分析与高密度微阵列的结合进行分析。

Affymetrix的全转录本分析方法使研究人员不仅能检测表达水平，而且能精确地检测被表达的内容，包括替代异构乐动体育LDsports中国体或基因组缺失。这为我们打开了一扇大门，让我们可以看到经典的3 '基微阵列所无法企及的分辨率。

• Affymetrix外显子1.0 ST全转录(WT)阵列能够实现两种互补水平的分析——基因表达和选择性剪接。每个外显子的多个探针能够进行“外显子水平”分析，从而区分一个基因的不同亚型。第二级为“基因级”表达分析，将不同外显子上的多个探针汇总为同一基因所有转录本的表达值。
• Affymetrix基因1.0和2.0 ST整个转录子阵列包括用于测量信使RNA (mRNA)和长基因间非编码RNA转录本(lincRNA)的探针。这些全转录子阵列设计提供了一个完整的mRNA表达谱以及影响mRNA表达谱的中间lincRNA转录本。
• 人类转录组阵列(HTA) 2.0通过提供结合多个数据源准确检测一个基因产生的所有已知转录亚型所需的覆盖范围和准确性，提供超越基因水平表达谱的能力。
• Clariom D数组提供转录组的高度详细的视图，并提供最快的路径，以实现可操作的结果。Clariom D检测使翻译研究的科学家能够快速、轻松地生成高保真度的生物乐动体育LDsports中国标记。基于业界领先的微阵列技术，这些分析的新设计提供了最复杂的转录全基因组基因和外显子水平表达谱，包括检测编码RNA和长非编码(lnc)RNA替代剪接事件的能力，在一个为期三天的实验。
• 该Clariom小号阵列设计提供了广泛的覆盖所有已知的良好注释的基因，与临床样本类型的兼容性，可伸缩的格式，和灵活的数据分析软件。Clariom S检测是选择的工具，以寻找表达生物标志物已知的功能，迅速，容易，和成本效益尽可能。
• 该Affymetrix溶3 '加试剂盒用于3' 施力的真核表达的可视化。这个平台利用寡聚dT引物，以产生cDNA的，然后在体外转录以产生生物素标记的cRNA，其杂交至3' 阵列上靶向探针。
• miRNA 3.0和4.0高密度阵列提供了对参与基因调控的小的非编码RNA转录本最敏感、准确和完整的测量。该阵列被设计用于查询miRBase 20中所有成熟的miRNA序列，使用相同的阵列格式分析来自所有物种的miRNA，使用3770个针对人类、小鼠和大鼠的独特的pre-miRNA发夹序列和1,996个人类snoRNA和。scaRNA。

ATGC执行SNP基因分型芯片使用Affymetrix和Illumina平台的服务。

SNP分析微阵列服务的价格可在服务定价时间表。

Affymetrix

全基因组人类SNP芯片6.0包含超过180万个基因变异标记。大约一半的标记包括单核苷酸多态性(SNPs)检测探针，另一半检测拷贝数变异(CNV)。SNP Array 6.0允许研究人员进行大样本的乐动体育LDsports中国关联研究。这些标记较好地代表了X、Y染色体上的SNPs、线粒体上的SNPs、重组热点上的SNPs以及完成GeneChip Human Mapping 500k array set后添加到dbSNP数据库中的新SNPs。

CytoScan高清数组提供最广泛的覆盖和最高的性能检测染色体畸变超过99%的灵敏度。通过单核苷酸多态性(SNP)等位基因确证，特异度高，可可靠检测全基因组25-50kb拷贝数的变化。CytoScan HD Suite拥有超过260万个拷贝数标记，覆盖了所有OMIM™和RefSeq基因。实现低水平嵌合体可视化、无杂合性(AOH)和获得性UPD (aUPD)检测、拷贝数变化确认、三倍体检测、等位基因不平衡模式可视化、基因组污染识别、三联一致性检查和源母分析。

OncoScan数组提供对癌症基因组从甚至最有挑战性的固体福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE）的肿瘤样品是完全新的视角。所述OncoScan测定法利用产生从短至40个碱基对序列的复用的阵列杂交的目标分子倒置探针。所述Oncoscan阵列利用SNP探针以提供包括杂（LOH）的拷贝数变异（CNV）的损失和癌症相关的体细胞突变的基因组信息。

Illumina公司

Illumina公司的Infinium BeadChips基因分型芯片为研究人员提供了成千上万乐动体育LDsports中国到数百万标记的基因型样本的灵活性，提供了全基因组覆盖的最新内容。

Illumina Omni基因型微阵列家族能够检测每个样本多达500万个标记，并提供可定制的阵列内容。这些阵列是根据国际项目(如1000基因组项目)的下一代测序数据设计的。

Omni微阵列提供了无与伦比的基因组覆盖使用智能选择的标签SNPs，最大化的可能性发现一个给定表型的真实关联。标签SNP方法的威力来自于形成单倍型块的标记之间的内在相关性，允许一个高度相关的标记作为基因组中其他许多标记的代理。这种方法允许最大信息量的标记的最广泛的选择，导致最好的全基因组覆盖的常见和罕见变异体。

Illumina公司还修改了从包括FFPE组织在内的存档组织中处理部分降解样本的方案。Illumina公司的GenomeStudio®软件提供了联合分析SNPs和CNV探针进行下游分析的能力，并包括了大量的基因分型和CNV分析第三方插件的链接。

人类CytoSNP-12:每片12(12)个样品。单核苷酸多态性(SNP)覆盖整个基因组。该芯片可用于FFPE样本。内容包括大约300,000个SNPs靶向区，对细胞遗传学分析很重要。生成的数据可以用来描述常见的先天性疾病和报告拷贝数变异(CNV)区域，同时为发现新的拷贝数变异提供密集的覆盖面。

人类OmniExpress-24:每片24(24)个样品。策略性地从所有3个HapMap阶段(710,000个标记)中选择优化的SNP内容，以捕获最大数量的常见SNP变异，并推动发现与性状和疾病的新关联。Beadchip可以和FFPE样品一起使用，可以额外定制30000种珠子类型。

人类Omni 5 - 4:每片四(4)个样品。它在世界超级人口中提供了全面的SNP覆盖(430万个标记)。这种高密度阵列覆盖了从国际HapMap项目和1000项目中选择的常见、中间和罕见的snp和harnesses标签snp，为全基因组基因分型和拷贝数变异(CNV)、种系变异、插入-缺失(indels)和SNPs结构变异提供了优化的内容。

人类Omni 2.5 8:每个芯片八（8）个样本。该BeadChip芯片提供了一整套既有共性，并从1000基因组项目（230万个标记）罕见的SNP，产生高品质的数据拷贝数变异（CNV的），生殖系变异，插入，缺失（插入缺失）和SNP结构变异。该BeadChip芯片可与FFPE样品使用，它可以为200,000额外的标记进行定制。

人类OmniExpress-Exome-8:每片8(8)个样品。战略性地从所有3个HapMap阶段(960,000个标记)中选择优化的SNP内容，以捕获最大数量的常见SNP变异，并推动发现与性状和疾病的新关联。该阵列包括274,000个功能性外显子标记，覆盖了12000多个外显子组和全基因组序列中选择的假定外显子变异。Beadchip可以和FFPE样品一起使用，可以额外定制30000种珠子类型。

DNA甲基化在基因表达调控中起重要作用，并与包括癌症在内的许多人类疾病有关。异常甲基化的影响(不管是高甲基化还是低甲基化)可以用DNA甲基化微阵列分析用于多种应用。

甲基化阵列服务的价格可以在服务定价时间表。

ATGC通过Illumina平台提供DNA甲基化微阵列服务。

Illumina公司已经开发出一个强大BeadArray甲基化平台，可提供定量甲基化测量用于检测在一次的几千个基因的单一化CpG位点水平表观遗传变化。阵列是能够并行地仿形8个样品，同时尽量减少每个样品使其成为理想的筛选全基因组关联研究（GWAS）种群的成本。

英飞纳姆MethylationEPIC:每个芯片八（8）个样本。该BeadChip芯片提供卓越的覆盖CpG岛，以RefSeq基因，编码开放的染色质，编码转录因子结合位点，并FANTOM5增强剂（每个样品的单核苷酸分辨率超过859000甲基化位点）。它包含关于原始InfiniumMethylation 450 BeadChip芯片内容提供了广阔的，所述甲基化的全面视图的90％。FFPE样品的甲基化研究与的Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片协议的修改版本启用。