下面是具体的补充,它可以包括图片,表格,数据,和/或分析代码的研究人员在MD安德森发表的手稿:乐动体育LDsports中国
潘坎11.
支持纸张的补充数据:上的癌症基因组图谱甲泛癌症蛋白质组学透视通过Akbani R,伍PKS,沃纳HMJ,等。自然通信2014年;5:3877。
PanCan 12亚型
支持纸张的补充数据:12种癌症类型多分析揭示内和跨地组织分子分类,由Hoodley Ka,Yao C,Wolf Dm,等。,细胞2014年;158(4):929-944。
化疗敏感性和细胞系
支持纸张的补充数据:高通量生物法医Bioinformaticsand重复性研究:从细胞系化疗敏感性派生乐动体育LDsports中国由Baggerly KA和库姆斯KR,应用统计年鉴2009年;3(4):1309年至1334年。
胶质母细胞瘤中的选择性剪接
补充数据集在支持的纸张:前体mRNA异常的全球分析的剪接胶质母细胞瘤使用外显子表达阵列,由Cheung HC,Baggerly Ka,Tsavachidis S,Bachingski Ll,Neubauer VL,Nixon TJ,Aldape Kd,Cote GJ,Krahe R.这些包括CEL文件24个胶质母细胞瘤样本(约550MB压缩)那CEL文件12个的正常脑样品(约266MB压缩), 和与文件名和肿瘤/正常状态下的文本文件(1K)。
地形正常化
补充数据集,包含代码和数据支持本文:反相蛋白质阵列的地形正常化通过尼利ES,Baggerly KA,Kornblau SM。
用于可变斜率归一化的RPPA数据
补充数据集,包含纸纸的代码和临床和临床和RPPA蛋白质的支持:反相蛋白质阵列的可变斜率正常化通过尼利ES,Kornblau SM,库姆斯KR,Baggerly KA。
RPPA数据在AML
补充数据集,含有256名新诊断的AML患者的临床和RPPA蛋白质数据,支持纸张:AML的功能蛋白质组图谱可预测疗效和生存,由Kornblau Sm,Tibes R,邱耶,陈W,Kantarjian H,Andreeff M,Coombes Kr,Mills GB。血液, 出现。
运行批处理效果和卵巢癌
完整的源代码和结果中所描述的分析:运行批处理的影响可能损害genomicsignatures的卵巢癌的效用通过Baggerly KA,尼利ES,库姆斯KR。J Clin Oncol。2008年;26(7):1186至1187年。Dressman等。回答了我们的通信。我们自己回复到他们的答复西港岛线上公布我们的附录我们的第一个网站。
(Ir)的chemopredictors的再现性
完整的源代码和结果中所描述的分析:微阵列:折回步骤由库姆斯KR,王建,Baggerly KA。自然医学。2007年;3(11):1276至1277年。(原名:基于该NCI60细胞系的基因签名做notpredict患者对化疗的反应)Potti的和内文斯回答了我们的通信。我们自己回复到他们的回复可以在我们找到附录我们的第一个网站。
微基因列表
补充表:转移性人胰腺癌细胞的基因表达谱取决于器官微环境,通过Najamura T,菲德勒IJ,库姆斯KR。癌症研究。2007年;67:139-48。
基于小波变换的功能混合模型
补充材料,包括都市报,Hastingsand说明一些MCMC跟踪地块,用于基于小波变换的功能混合模型莫里斯和卡罗尔。
所属的UniGene
对基因序列签名补充材料揭示矿业单基因隶属网,由张健,张L,库姆斯KR。生物信息学。2006年;22:385-91
QRT-PCR在低密度阵列上验证
补充数字和数据使用microfluidiclow密度阵列的寡核苷酸微阵列数据的验证:一种新的统计方法来标准化实timeRT-PCR数据,By Abruzzo Lv,Lee Ky,Fuler A,Silverman A,Keating MJ,Medeiros LJ,Coombes Kr。生物技术。2005年;38:785-92
明显峰胰腺癌名单
补充表S1为:血浆蛋白谱胰腺癌的诊断显示宿主反应蛋白的存在。通过库门JM,施LN,库姆斯KR,李d,萧LC,菲德勒IJ,阿布鲁泽塞JL,小林R.临床癌症研究。2005年;11:1110至1118年。
使用平均光谱的MALDI峰值检测
使用平均光谱,Morris JS,Coombes Kr,Koom j,Baggerly Ka和Kobayashi R.的特征提取和质谱数据的辅助材料进行特征提取和量化的质谱数据生物信息学2005年;21:1764-75。
使用LCMS蛋白水解肽靶向诊断蛋白的发现
补充材料:诊断蛋白发现使用蛋白水解肽靶向和鉴定,由John M.库门,海涛赵,李李东辉,詹姆斯·阿布鲁泽塞,基斯A. Baggerly,龙二小林。快速通信质谱那2005年;18:2537-48。
Seldi-Tof的再现性
辅助材料,包括Matlab和Perl代码和附加图陪在血清SELDI-TOF蛋白图案重现性:从不同的实验数据集进行比较通过Baggerly KA,莫里斯JS,库姆斯KR。生物信息学2004年;20:777-85
信号与噪声
辅助材料,包括MATLAB脚本和处理过的数据到信号陪在噪声:评估报告的用于治疗卵巢癌的血清蛋白质组的测试中,通过Baggerly KA,Edmonson SR,莫里斯JS,库姆斯KR再现性。Endocr RELAT癌症。2004年;11:583-4
加工蛋白质组学谱,第1版
补充:质量控制和峰发现用于通过表面增强激光解吸和电离,由库姆斯KR,弗里奇HA JR,克拉克C,陈JN,Baggerly KA,莫里斯JS,萧LC,红MC从乳头抽吸液收集蛋白质组学数据,Kuerer HM。ClinChem。2003年;49:1615年至1623年
图书馆变异SAGE之间
补充到:在SAGE差异表达:占法线之间库变化通过Baggerly KA,邓L,莫里斯JS,Aldaz CM。生物信息学。2003年;19:1477年至1483年。
CAMDA 2001增刊
补充材料,我们的介绍,在2001年CAMDA
PCANOVA
用于评估微阵列数据中存在的组结构量的PCANOVA方法的描述。
egfr.Signature.zip.
补充材料的EGFR.signature。