公共数据集
这个站点是一个由MD Anderson的研究人员收集和分析的选定数据集的存储库。我们已经尽力提供了合理的解释。某些用来分析这些数据的工具也在下面软件．
请注意，已发表论文的补充数据集在补充页面。
TCGA标准化数据
我们提供标准化和版本化的快照TCGA数据站点的“开放访问HTTP目录”中的TCGA Level 3数据。TCGA数据经过了“标准化”过程，并转换为一种标准格式，该格式由一个矩阵组成，其中样本作为列，“基因等价物”(如基因符号、探针id和miRNA id)作为行标签。
老公共数据集
以下数据已过时。我们提供它是出于历史原因。
- 克伦威尔蛋白质组学软件包的数据(约2005)。
- 用于分析乳腺癌微阵列数据的数据和代码．
- 19个乳腺癌细胞系的CEL文件．
- 微阵列数据．
补充Wang J, Coombes KR, Highsmith WE, Keating MJ, Abruzzo LV．B细胞慢性淋巴细胞白血病和正常B细胞基因表达的差异:三项微阵列研究的荟萃分析。生物信息学。2004;20:3166 - 78。 - MDA133:临床数据和dChip MBEI值文件
补充:Hess等，乳腺癌术前紫杉醇、5-氟尿嘧啶、阿霉素和环磷酰胺化疗敏感性的药物基因组预测，临床肿瘤学杂志，24(26)，2006。该文件的最新版本包括82个案件子集的“分子类”信息。 - MDA133:预测器训练和验证数据集的CEL文件
补充:Hess等，乳腺癌术前紫杉醇、5-氟尿嘧啶、阿霉素和环磷酰胺化疗敏感性的药物基因组预测，临床肿瘤学杂志，24(26)，2006。 - 39个具有复制基因表达数据的样本复制RNA杂交
补充数据:Anderson K, Hess KR, Kapoor M, Tirrell S, Courtemanche J, Wang B, Wu Y, Gong Y, Hortobagyi GN, Symmans WF, Pusztai L。基于基因表达特征的重复实验预测的重现性。临床癌症研究2006;12:1721-7。 - MDACC-FNA-CBX-74的CEL文件
这个zip文件包含CEL文件和示例匹配信息:Bianchini, G。,气,Y。,阿尔瓦雷斯,r.h.合著,Iwamoto, T, Coutant, C,易卜拉欣N.K,瓦莱罗能源,V, Cristofanilli博士,,绿色,司仪,Radvanyi, L, Hatzis, C, Hortobagyi, G.N,安德烈,F。,詹尼·,L, Symmans, W.F. Pusztai, L .分子解剖在雌激素受体阳性乳腺癌间质及其预后价值和负面的癌症,临床肿瘤学杂志，2010年8月30日前在线发表。 - 乳腺癌化疗反应测试，Pusztai等，2004年
该数据集包括620个样本和QC SELDI谱，用于Pusztai等人，“乳腺癌接受新辅助或辅助化疗患者化疗前和化疗后血浆样本的药物蛋白质组学分析”，癌症2004;100:1814 - 1822。研究综述:在I - III期乳腺癌患者接受紫杉醇或FAC(5-氟尿嘧啶、阿霉素和环磷酰胺)化疗前后，对NAF血浆进行蛋白质组学改变，以衡量化疗的反应。研究人员还采集了健康女性的样本，以帮助确定乳腺癌相关的蛋白质标记物。完整的抽象 - 模拟蛋白质组学光谱的方法开发和比较，Morris等。
在我们的论文中使用平均谱来寻找峰和定量，我们模拟了数百个蛋白质组学数据集。我们用仿真数据比较了两种不同处理算法的结果。数据集在这里是可用的，所以其他人可以比较他们的算法和我们的算法在一个标准数据集上，知道每个光谱的峰值是什么。