汉旭,博士。
表观遗传学系和分子致癌,基础科学分工
目前标题和隶属关系
主要约会
德克萨斯大学安德森癌症中心(MD Anderson Cancer Center, Smithville, TX)基础科学研究部门表观遗传学和分子癌变学系助理教授乐动体育LDsports中国
双/联合/辅助预约
教师,生物医学科学研究生院(GSBS),德克萨斯州休斯顿,德克萨斯州德克萨斯州健康科学中心
乐动体育LDsports中国研究兴趣
我有兴趣开发用于开发高通量生物实验的设计和分析的计算算法,重点关注转录和表观遗传调控领域的应用。下一代测序的出现促进了过去十年中许多高通量生物技术的发展,这极大地加速了生物医学研究。乐动体育LDsports中国不仅用于标准化数据处理的创新计算方法,而且还用于对这些实验的合理设计和无偏见的解释。我们已经开发了一系列生物信息工具,用于芯片SEQ,DNA酶-SEQ,RNA-SEQ和3D染色质相互作用实验。这些工具使得能够进行深入的合作,从而阐明癌细胞和胚胎干细胞的转录和表观遗传调节机制。我目前的研究兴趣主要是乐动体育LDsports中国在优化,设计和分析对基于CRISPR的基础遗传或表观遗传扰动屏幕。我们正在开发机器学习和统计方法,以提高CRISPR屏幕的性能,并使用这些方法来进行编码和非编码基因组区域的系统功能表征。我们还在开发新颖的算法,以将信息与其他异构“ - 间数据集集成在一起。我的团队与分子生物学家和临床研究人员合作,将我们的计算专业知识与尖端生物技术结合在一起,以解决乐动体育LDsports中国癌症表观症的基本问题,并破译遗传和表观遗传“依据潜在的各种癌症表型。
教育与培训
授予学位教育
2011年 | 新加坡南洋理工大学,SGP,生物信息学博士 |
1999年 | 浙江大学,浙江,CHN, ME,信息系统 |
1996年 | 浙江大学,浙江,CHN,是,计算机科学 |
研究生培训
2010-2015. | 博士后研究奖学金,生物统计乐动体育LDsports中国学和计算生物学,达纳 - 前癌症研究所,哈佛大学公共卫生学院,马萨诸塞州波士顿 |
选定的出版物
同行评审文章
- 陈春华,肖涛,徐华,姜平,Meyer CA,李伟,Brown M,刘学森.改进CRISPR敲除筛选的设计和分析。生物信息学34(23):4095 - 4101年,2018年。e-Pub 2018。PMID: 29868757。
- 肖T,李文,王X,徐H,杨j,吴q,黄y,geradts j,江p,fei t,chi d,zang c,liao q,rennhack j,Andrechek E,Li N,Detre S,dowsett m,jeselsohn rm,liu xs,棕色m.雌激素调节的反馈环限制了雌激素受体靶向乳腺癌疗法的功效。Proc Natl Acad SCI U S 115(31):7869-7878,2018。E-Pub 2018. PMID:29987050。
- 闫杰,蔡堂,周c,zhu c,yang j,zhang c,gu f,xu h,we j,liu q.基准测试CRISPR靶标SGRNA设计。简短生物形象19(4):721-724,2018。PMID:28203699。
- Meyers RM,Bryan JG,McFarland JM,Weir Ba,Sizemore Ae,Xu H,Dharia NV,Montgomery PG,Cowley GS,Pantel S,Goodale A,Lee Y,Ali Ld,Jiang G,Lubonja R,Harrington WF,Strickland M,吴T,Hawes DC,Zhivich VA,Wyatt Mr,Kalani Z,Chang Jj,Okamoto M,Stegmaier K,Golub Tr,Boehm JS,Vazquez F,Root de,Hahn Wc,Tsherniak A.拷贝数效应的计算校正提高了癌细胞中CRISPR-CAS9生物性屏幕的特异性。NAT Genet 49(12):2017年1779-1784,2017。E-Pub 2017. PMID:29083409。
- Rosenbluh J, Xu H, Harrington W, Gill S, Wang X, Vazquez F, Root DE, Tsherniak A, Hahn WC.衍生自CRISPR CAS9介导的基因缺失和抑制的互补信息。NAT Commun 8:15403,20177。E-Pub 2017. PMID:28534478。
- Cao q,ma j,chen ch,xu h,chen z,li w,liu xs.CRISPR-FOVES:用于设计聚焦克切式筛选实验的Web服务器。PLO一12(9):E0184281,201720。E-PUB 2017. PMID:28873439。
- Ma J,KösterJ,秦Q,胡S,Li W,Chen C,Ca Q,Wang J,Mei S,Liu Q,徐H *,liu xs *.CRISPR-DO用于基因组 - 范围内的CRISPR设计和优化。生物信息学32(21):2016年3336-3338,2016。E-PUB 2016. PMID:27402906(*与相应的作者)。
- 秦Q,梅S,吴q,孙h,li l,taing l,chen s,li f,liu t,zang c,xu h,chen y,meyer ca,zhang y,棕色m,long hw,liu xs.ChiLin:一个全面的ChIP-seq和DNase-seq质量控制和分析管道。生物信息学17(1):404,2016。e-Pub 2016。PMID: 27716038。
- 徐辉,徐凯,何洪辉,臧超,陈超,陈勇,秦强,王胜,王超,胡松,李飞,龙辉,Brown M,刘学森.一致性分析揭示了EZH2和E2F1之间的转录协作在癌症相关基因表达的调节中。Mol Cancer Res 14(2):163-72,2016。E-PUB 2015. PMID:26659825。
- 徐华,肖涛,陈超,李伟,Meyer CA,吴强,吴东,丛林,张飞,刘俊生,Brown M,刘学森.改进CRISPR SGRNA设计的序列决定因素。Genome Res 25(8):1147-57,2015。E-PUB 2015. PMID:26063738。
- 李W *,徐H *, Xiao T, Cong L, Love MI, Zhang F, Irizarry RA, Liu JS, Brown M, Liu XS.MAGECK使来自基因组规模CRISPR / CAS9敲除屏幕的基本基因的稳健识别。Genome Biol 15(12):554,2014。PMID:25476604。
- 徐H,sung wk..从芯片-SEQ数据识别差分组蛋白修改站点。方法Mol Biol 802:293-303,2012。PMID:22130888。
- Handoko L *,徐H *李G *,颜CY,嚼E, Schnapp M,李连续波,你们C,萍杰,Mulawadi F,黄E,盛J,张Y, Poh T,陈CS, Kunarso G,该导弹,Bourque G, Cacheux-Rataboul V,唱周,阮Y,魏CL.CTCF介导的多能细胞中的官能染色质蛋白酶蛋白酶。NAT Genet 43(7):2011年630-8. E-PUB 2011. PMID:21685913。
- 徐H,handoko l,wei x,ye c,sheng j,wei cl,林f,sung wk.负控制芯片-SEQ意义分析的信号噪声模型。生物信息学26(9):1199-204,2010。E-PUB 2010. PMID:20371496。
- 徐H、魏瑞林、林芳、宋伟坤.芯片-SEQ数据差分组蛋白修饰位数的基因组覆盖型肝癌。生物信息学24(20):2344-9,2008. E-PUB 2008. PMID:18667444。
- 陈X *,徐H *,袁p,方福,哈斯米,朱·vb,黄娥,orlov yl,张w,江j,loh yh,yeo hc,yeo zx,陈刚v,govindarajan kr,leong b,shahab a,阮y,bourqueg,sung wk,clarke nd,wei cl,ng hh.外部信令途径与胚胎干细胞核心转录网络的集成。小区133(6):1106-17,2008. PMID:18555785(* CO-First作者)。
- 赵XD *,汉X *,周俊立,刘杰,赵金平,周a, Orlov YL,宋伟坤,Shahab A, Kuznetsov VA, Bourque G, Oh S,阮勇,Ng HH, Wei CL.组蛋白H3 Lys4和27三甲基化的全基因组图谱揭示了人类胚胎干细胞中不同的基因组区室。细胞干细胞1(3):286- 98,2007。PMID: 18371363(*共同第一作者)。
补助金支持
标题: | 招聘首次,保单 - 赛道教师 - 韩旭博士 |
资金来源: | 德克萨斯州癌症预防研究所(Cprit)乐动体育LDsports中国 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 识别癌症表观遗传调控网络的综合方法 |
资金来源: | Utmdacc升起的明星 |
角色: | 首席研究员 |