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      沈元庆形象

      约翰保罗Y.C.沉,MD

      肿瘤内科胃肠肿瘤科

      关于John Paul Shen博士

      我是一个医生 - 科学家,在内科,血液学和肿瘤学的化学生物学和临床训练中有科学背景。我目前是德克萨斯州长安德森癌症中心大学胃肠治疗肿瘤科助理教授,临床实践集中在结肠和附录癌症上。我的长期研究目标是更好地了乐动体育LDsports中国解癌症基因组,并利用这种理解更好地提供化疗。我的直接研究目标包括发现新乐动体育LDsports中国的合成致命遗传关系,作为重新批准FDA批准的药物的手段,也识别新的化学治疗药物靶标。我也积极参与几个项目来鉴定基因组生物标志物,以预测特定患者对给定疗法的反应。本研究在我乐动体育LDsports中国的化学生物学和高通量筛选,功能基因组学和遗传互动网络的创建以及临床肿瘤学中建立了现有培训。我在化学的培训开始作为麻省理工学院的本科生,并继续在广泛的研究所作为一个HHMI研究员。在DRS的方向下。James Bradner和Stuart Schreiber,我了解了小分子探头如何用于研究生物系统。在广泛的情况下,我还学习了如何设计,优化和最终分析来自高通量和高含量的化学遗传筛网的数据。 This work led to publications in Chemistry & Biology and PNAS. After completing medical school at Washington University I matched into a combined Internal Medicine residency and Hematology-Oncology fellowship program at UCSD as part of the Physician-Scientist pathway. During the research portion of my fellowship I joined the laboratory of Dr. Trey Ideker, an internationally recognized leader in the field of network and systems biology. The Ideker lab specializes in utilizing knowledge of network relationships to draw biological conclusions from large datasets as well as performing high-throughput genetic interaction experiments in both human and model organism systems.

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      这是约翰·保罗·沈,医学博士

      现在的头衔和隶属关系

      主要任命

      助理教授,胃肠道肿瘤医学肿瘤科医学肿瘤科,德克萨斯州德克萨斯州和康森癌症中心大学癌症医学分部

      乐动体育LDsports中国研究兴趣

      (1)开发和使用系统生物学技术来创建癌症细胞的全面分子“地图”;

      (2)利用CRISPR-Cas9进行高通量功能基因组筛选,绘制遗传相互作用网络,识别癌症模型系统中新的合成致死相互作用;

      (3)转化癌症生物学的进展,以改善临床肿瘤学的结果,特别是使用肿瘤分子数据来指导精准肿瘤学;

      (4)使用系统和网络技术分析现有的肿瘤分子数据;

      (5)小分子靶向化疗药物的开发。

      临床利益

      大肠癌

      阑尾癌

      教育和培训

      授予教育

      2008 华盛顿大学医学院,圣路易斯,莫,美国,MD,医学
      2002 马萨诸塞州理工学院,剑桥,马,美国,BS,化学

      研究生培训

      2013 - 2018 乐动体育LDsports中国加州大学圣地亚哥分校癌症基因组学研究员
      2010-2013. 加州大学圣地亚哥分校血液学-肿瘤学临床研究员
      2009 - 2010 临床居留,内科,UC圣地亚哥,圣地亚哥,加州
      2008-2009 临床实习,内科,UC圣地亚哥,圣地亚哥,加州

      委员会认证

      2014 医学肿瘤学
      2014 血液学
      2011 内科

      荣誉与奖励

      2016 下一代明星,美国癌症研究协会乐动体育LDsports中国
      2013 年轻的调查员奖,美国临床肿瘤学会

      专业会员资格

      癌症细胞图谱倡议组织,圣地亚哥

      会员,2016年至今

      美国癌症研究协会乐动体育LDsports中国

      成员,2013年至今

      美国血液学会

      会员,2010年 - 至今

      美国临床肿瘤学会

      会员,2010年 - 至今

      选定的出版物

      同行评议的文章

      1. 王S,Ma J,张W,沈摩根大通,黄建平,彭建平. 利用体细胞进化选择的途径对肿瘤进行分型。《自然公社》第9(1):41592018页。2018年电子出版物。PMID:30297789。
      2. Bui, Huang JK, Bojorquez-Gomez A, Licon K, Sanchez KS, Tang SN, Beckett AN, Wang T, Zhang W,沈摩根大通, Kreisberg JF, Ideker T.NSD1在头颈部癌症中的破坏促进与低甲基化相关的有利化疗反应。中国生物医学工程学报,2018,29(7):1585-1594。e-Pub 2018。PMID: 29636367。
      3. 张W,Bojorquez-Gomez A,Velez Do,Xu G,Sanchez Ks,沈摩根大通陈克、李康K、梅尔顿C、奥尔森KM、Yu MK、黄JK、卡特H、法利EK、斯奈德M、弗雷利SI、克雷斯堡JF、艾德克T.连接非编码突变与肿瘤基因表达变化的全球转录网络。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2018。e-Pub 2018。PMID: 29610481。
      4. 沈摩根大通,赵D,萨西克R,鲁贝克J,伯明翰A,波约克斯戈麦斯A,李康K,克莱珀K,佩金D,贝克特安,桑切斯KS,托马斯A,郭CC,杜D,罗格夫A,刘易斯NE,长安,克雷斯堡JF,克罗根N,齐L,艾德克T,马里P.组合CRISPR-CAS9筛选遗传相互作用的探测。NAT方法14(6):2017年573-576,2017。E-PUB 2017. PMID:28319113。
      5. 杜德,罗格夫A,戈登D,陈M,陈SH,页岩M,沈摩根大通,Ideker T,Mali P,Qi LS,Krogan NJ.碱性细胞使用CRISPR干扰的遗传相互作用映射。NAT方法14(6):577-580,201777。E-PUB 2017. PMID:28481362。
      6. 斯里瓦斯R,沈摩根大通, Yang CC, Sun SM, Li J, Gross AM, Jensen J, Licon K, Bojorquez-Gomez A, Klepper K, Huang J, Pekin D, Xu JL, Yeerna H, Sivaganesh V, Kollenstart L, van Attikum H, Aza-Blanc P, Sobol RW, Ideker T.探索精密癌症疗法的保守合成致死相互作用网络。Mol Cell 63(3):514-25,2016。E-Pub 2016. PMID:27453043。
      7. 庄臣TC, Chin MR, Han T,沈摩根大通, Rana T, Siegel D.伊普林蛋白酶e的合成,人造造血干和祖细胞膨胀的启动子。J AM Chem SoC 138(18):6068-73,201016。E-PUB 2016. PMID:27096704。
      8. 沈摩根大通, Srivas R, Gross A, Li J, Jaehnig EJ, Sun SM, Bojorquez-Gomez A, Licon K, Sivaganesh V, Xu JL, Klepper K, Yeerna H, Pekin D, Qiu CP, van Attikum H, Sobol RW, Ideker T.化学发生谱鉴定RAD17是通过检查点激酶抑制而合成致死的。Oncotarget 6(34): 35755 - 69年,2015年。PMID: 26437225。
      9. Choueiri MB,沈摩根大通, Gross AM, Huang JK, Ideker T,芬达P.ERCC1和TS表达作为转移性结肠癌中的预后和预测生物标志物。PLO一个10(6):E0126898,2010。E-PUB 2015. PMID:26083491。
      10. 阿格拉瓦尔N、阿克巴尼R、阿克索伊BA、盟友A、阿拉奇H、Asa SL、奥曼JT、巴拉桑德拉姆M、巴鲁S、贝林SB、贝赫拉M、伯纳德B、贝鲁欣R、贾主教、布莱克AD、博登海默T、博伊斯L、布特瓦拉MS、鲍文J、鲍比R、布里斯托CA、布鲁克斯R、布鲁克斯D、布莱恩特R、布达E、巴特菲尔德Y、卡林T、卡尔森R、卡特SL、卡蒂SE、陈塔、陈埃、,Cherniack AD、Cheung D、Chin L、Cho J、Chu A、Chuah E、Cibulskis K、Ciriello G、Clarke A、Clayman GL、Cope L、Copland JA、Covington K、Danilova L、Davidsen T、Demchok JA、DiCara D、Dhalla N、Dhir R、Dookran SS、Dresdner G、Eldridge J、Eley G、El Naggar AK、Eng S、Fagin JA、Fennell T、Ferris RL、Fisher S、Frazer S、Frick J、Gabriel SB、Ganly I、,高杰、加拉维·洛杉矶、加斯蒂埃·福斯特·JM、格茨·G、盖伦堡N、戈赛因·R、吉布斯·拉、佐丹诺·TJ、戈麦斯·赫尔南德斯·K、格里姆比·J、格罗斯·B、吉尼·R、哈吉帕那、海斯·顿、海曼·迪、赫尔曼·JG、霍德利·卡、霍弗里·M、霍尔特·拉、霍伊尔·AP、黄福、黄M、赫特·CM、艾德克·T、艾德·T、艾普·L、雅各布森·A、杰弗里斯·SR、琼斯、琼斯、琼斯·SJ·琼斯、卡塞安·K、,Kebebew E,Khuri FR,Kim J,Kramer R,Kreisberg R,Kucherlapati R,Kwiatkowski DJ,Ladanyi M,Lai PH,Laird PW,Lander E,Lawrence MS,Lee D,Lee E,Lee S,Lee W,Leaas KM,Lichtenberg TM,Lichtenstein L,Lin P,Ling S,Liu J,Liu W,Liu Y,Liu Y,LiVolsi VA,Lu Y,May,Mahdeshwar HS,Marra Ma,Mayo M,McFadden DG,Meyerson M,Mieczkowski PA,米勒M、米尔斯G、摩尔RA、莫斯勒、芒格尔AJ、穆雷BA、尼基福罗夫叶、诺布尔女士、奥杰西娜AI、奥沃尼科科TK、奥森伯格BA、潘塔齐A、帕芬诺夫M、帕克PJ、帕克JS、保罗·埃奥、佩达马鲁CS、佩罗CM、普林斯JF、普罗托波波夫A、拉马林甘SS、拉米雷斯NC、拉米雷斯R、拉斐尔BJ、拉斯特梅尔WK、雷诺兹SM、莱茵贝E、林格尔MD、里韦拉M、,Roach J、Robertson AG、Rosenberg MW、Rosenthal M、Sadeghi S、Saksena G、Sander C、Santoso N、Schein JE、Schultz N、Schumacher SE、Seetala RR、Seidman J、Senbabaoglu Y、Seth S、Sharp S、Shaw KR、,沈摩根大通,申R,谢尔曼S,谢M,史Y,什穆列维奇一世,西卡GL,西蒙斯.甲状腺乳头状癌的整合基因组特征。细胞159(3):676 - 90年,2014年。PMID: 25417114。
      11. 嘉科州罗斯·罗克,沈摩根大通,egloff am,carter h,hofree m,choueiri m,coffey cs,lippman sm,海斯dn,cohen ee,grandis jr,nguyen qt,ideker t.头部和颈部癌的多层基因组分析Tie TP53突变到3P损失。NAT Genet 46(9):939-43,2014。E-Pub 2014. PMID:25086664。
      12. Ghashghaei r,popa r,沈摩根大通. 埃文斯综合征。《美国医学杂志》126(11):e7-82013。PMID:24157305。
      13. Bradner Je,Mak R,Tanguturi Sk,Mazitschek R,Haggarty SJ,Ross K,Chang Cy,Bosco J,West N,Morse E,Lin K,沈摩根大通,奎特科夫斯基NP,盖尔多夫N,德克尔J,迪安杰洛DJ,卡尔SA,施赖伯SL,戈卢布TR,埃伯特BL.化学遗传策略将组蛋白脱乙酰酶1(HDAC1)和HDAC2鉴定为镰状细胞疾病中的治疗靶标。Proc Natl Acad Sci U S A 107(28):12617-22,2010。E-PUB 2010. PMID:20616024。
      14. Bradner Je,McHerson Om,Mazitschek R,Barnes-Seeman D,沈摩根大通, daliwal J, Stevenson KE, Duffner JL, Park SB, Neuberg DS, Nghiem P, Schreiber SL, Koehler AN.筛选细胞裂解物的小分子微阵列平台。生物化学学报13(5):493- 504,2006。PMID: 16720270。

      邀请的文章

      1. 沈摩根大通Ideker T.纠正拷贝号码的CRISPR。NAT Genet 49(12):2017年1674-1675.PMID:29186130。

      摘要

      1. 沈摩根大通, Dongxin Zhao, Brenton Munson, Amanda Birmingham, Roman Sasik, Ana Bojorquez-Gomez, Katherine Licon, Kristin Klepper, Alex Beckett, Kyle Salinas Sanchez, Prashant Mali, Trey Ideker.高通量组合CRISPR-Cas9基因敲除揭示了大多数遗传相互作用是依赖于上下文的。癌症研究78,乐动体育LDsports中国2018。
      阅读更多
      较少的

      赠款和合同支助

      标题: 招募第一次任职 - 赛道教师会员
      资金来源: 德克萨斯州癌症预防与研究所(CPRIT)乐动体育LDsports中国
      角色: 主要调查员
      标题: 高通量功能基因组学指导胃肠道肿瘤精密肿瘤学
      资金来源: NIH / NCI
      角色: 主要调查员

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