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      前
      汉徐形象

      汉许博士。

      基础科学学部表观遗传学和分子癌变学系

      目前职务及所属单位

      主要的约会

      德克萨斯州德克萨斯州德克萨斯州德克萨斯州德克萨斯州和德克萨斯大学基础科学研究部助理教授和分子致癌科。乐动体育LDsports中国

      双/共同/兼职的约会

      德克萨斯大学健康科学中心生物医学科学研究生院教员

      乐动体育LDsports中国研究兴趣

      我对开发高通量生物实验设计和分析的计算算法感兴趣,重点在转录和表观遗传调控领域的应用。在过去十年中,下一代测序技术的出现促进了许多高通量生物技术的发展,极大地加速了生物医学研究。乐动体育LDsports中国创新的计算方法是需要的,不仅是标准化的数据处理,而且是合理的设计和公正的解释这些实验。我们开发了一系列应用于ChIP-seq、DNase-seq、RNA-seq和3D染色质相互作用实验的生物信息学工具。这些工具已使深入合作,导致阐明转录和表观遗传调节机制的癌细胞和胚胎干细胞。我目前的研究兴趣主要是乐动体育LDsports中国基于crispr的遗传或表观遗传扰动筛选的优化、设计和分析。我们正在开发机器学习和统计方法,以提高CRISPR筛选的性能,并使用这些方法对编码和非编码基因组区域进行系统功能表征。我们还在开发新的算法来整合来自CRISPR屏幕和其他异构“-omic”数据集的信息。我的团队与分子生物学家和临床研究人员合作,将我们的计算机专业知识与前沿生物技术结合起来,解决癌乐动体育LDsports中国症表观遗传学的基本问题,并破译各种癌症表型背后的遗传和表观遗传“密码”。

      教育和培训

      授予教育

      2011 南阳科技大学,新加坡,SGP,博士,生物信息学
      1999 浙江大学,浙江,CHN,ME,信息系统
      1996 浙江大学,浙江,中国,BE,计算机科学

      研究生培训

      2010 - 2015 哈佛大学公共卫生学院招收生乐动体育LDsports中国物统计学和计算生物学博士后

      选定的出版物

      同行评议的文章

      1. Chen Ch,Xiao T,徐H,江P,Meyer Ca,Li W,Brown M,Liu Xs.改进了CRISPR淘汰赛屏幕的设计与分析。生物信息学34(23):4095-4101,20108。E-PUB 2018. PMID:29868757。
      2. Xiao T, Li W, Wang X, Xu H, Yang J, Wu Q, Huang Y, Geradts J, Jiang P, Fei T, Chi D, zc, Liao Q, Rennhack J, Andrechek E, Li N, Detre S, Dowsett M, Jeselsohn RM, Liu XS, Brown M.雌激素调节反馈回路限制了雌激素受体靶向乳腺癌治疗的疗效。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2018。e-Pub 2018。PMID: 29987050。
      3. 闫军,周成,朱超,杨军,张超,顾飞,徐华,魏军,刘强.基准测试CRISPR靶标SGRNA设计。简短生物形象19(4):721-724,2018。PMID:28203699。
      4. 迈耶斯RM,布赖恩•詹麦克法兰JM,堰英航,西斯摩尔AE,徐H, Dharia NV,蒙哥马利PG,考利GS, Pantel年代,Goodale,李Y,阿里•LD江G, Lubonja R,哈林顿WF,斯特里克兰,吴T,霍斯,Zhivich VA,怀亚特先生,Kalani Z, Chang JJ, Okamoto M, Stegmaier K, Golub TR, Boehm JS,巴斯克斯F,根德,哈恩WC, Tsherniak A.拷贝数效应的计算校正提高了癌细胞中CRISPR-CAS9生物性屏幕的特异性。NAT Genet 49(12):2017年1779-1784,2017。E-Pub 2017. PMID:29083409。
      5. Rosenbluh J,Xu H,Harrington W,Gill S,Wang X,Vazquez F,Root De,Tsherniak A,Hahn Wc.互补信息来源于CRISPR Cas9介导的基因缺失和抑制。Nat Commun 8:15403, 2017。e-Pub 2017。PMID: 28534478。
      6. 曹强,马军,陈超,徐华,陈智,李伟,刘学森.CRISPR- focus:用于设计聚焦CRISPR筛选实验的网络服务器。PLoS One 12(9):e0184281, 2017。e-Pub 2017。PMID: 28873439。
      7. 马军,Köster J,秦强,胡松,李伟,陈超,曹强,王军,梅松,刘强,徐H *,刘x *.CRISPR- do用于全基因组CRISPR设计和优化。生物信息学32(21):3336 - 3338年,2016年。e-Pub 2016。PMID: 27402906(*合著作者)。
      8. 秦强,梅胜,吴强,孙辉,李丽,泰龙,陈胜,李飞,刘涛,臧超,徐华,陈勇,Meyer CA,张勇,Brown M,龙宏文,刘学森.赤林:综合芯片SEQ和DNASE-SEQ质量控制和分析管道。BMC BioInformatics 17(1):404,2016。E-PUB 2016. PMID:27716038。
      9. 徐H,徐k,他hh,zang c,chen ch,chen y,qin q,王s,王c,hu s,li f,long h,棕色m,liu xs.综合分析揭示了EZH2和E2F1在调控肿瘤相关基因表达中的转录协作作用。中国生物医学工程学报,2016,35(2):457 - 461。e-Pub 2015。PMID: 26659825。
      10. 徐H,小T,陈成,李W,Meyer Ca,Wu q,wu d,cong l,zhang f,liu js,棕色m,liu xs.改进CRISPR sgRNA设计的序列决定因素。中国生物医学工程学报,2015,32(8):1147- 1157。e-Pub 2015。PMID: 26063738。
      11. 李W *,徐H *,小t,cong l,love mi,zhang f,irizarry ra,liu js,棕色m,liu xs.MAGeCK能够从基因组规模的CRISPR/Cas9敲除筛选中可靠地识别关键基因。中国生物医学工程学报,2017,32(12):1546 - 1546。PMID: 25476604。
      12. 徐H.唱,周.从ChIP-seq数据中识别差异组蛋白修饰位点。方法:中华医学杂志802:293- 3303,2012。PMID: 22130888。
      13. Handoko L *,徐H *,李g *,ngan cy,chew e,schnapp m,lee cw,ye c,ping jl,mulawadi f,黄e,sheng j,zhang y,poh t,chan cs,kunarso g,shahab a,bourque g,Cachux-Rataboul V,Sung WK,Ruan Y,Wei Cl.多能细胞中ctcf介导的功能性染色质相互作用。中国生物医学工程学报43(7):630- 8,2011。e-Pub 2011。PMID: 21685913。
      14. 徐H.叶超,盛俊,魏春林,林芳,宋文奎.负控制ChIP-seq显著性分析的信噪模型。生物信息学26(9):1199 - 204年,2010年。e-Pub 2010。PMID: 20371496。
      15. 徐H.,魏克,林F,Sung WK.HMM方法从ChIP-seq数据中对差异组蛋白修饰位点进行全基因组鉴定。生物信息学24(20):2344 - 2008。e-Pub 2008。PMID: 18667444。
      16. 陈* *,徐H *,袁鹏,方芳,Huss M, Vega VB, Wong E, Orlov YL, Zhang W, Jiang J, Loh YH, Yeo HC, Yeo ZX, Narang V, Govindarajan KR, Leong B, Shahab A, Ruan Y, Bourque G, Sung WK, Clarke ND, Wei CL, Ng HH.胚胎干细胞中外部信号通路与核心转录网络的整合。细胞133(6):1106 - 2008。PMID: 18555785(*共同第一作者)。
      17. 赵XD *,汉x *,咀嚼jl,刘j,chiu kp,choo a,orlov yl,sung wk,shahab a,kuznetsov va,bourque g,哦,阮y,ng hh,wei cl.组蛋白H3 Lys4和27三甲基化的全基因组映射揭示了人胚胎干细胞中的不同的基因组室。细胞干细胞1(3):286-98,2007. PMID:18371363(* CO-First作者)。
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      标题: 新聘终身教授-韩旭博士
      资金来源: 德州癌症预防与研究所乐动体育LDsports中国
      角色: 主要调查员
      标题: 识别癌症中表观遗传调控网络的综合方法
      资金来源: UTMDACC新星
      角色: 主要调查员

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