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      前
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      悦,博士学位。

      表观遗传学系和分子致癌,基础科学分工

      目前职务及所属单位

      主要约会

      德克萨斯大学安德森癌症中心表观遗传学和分子癌变学系副教授

      乐动体育LDsports中国研究兴趣

      我的主要研究兴趣是设计乐动体育LDsports中国和应用生物信息学方法来破译生物机制使用下一代测序技术。它包括两个主要部分:一是与湿实验室的合作研究,以解决重要的生物学问题。乐动体育LDsports中国在过去的几年里,我与MD安德森内外的许多实验室进行了合作。一般来说,大多数项目都可以包括在“癌症中的基因组、转录组和表观基因组变化的表征”这个大主题中。具体来说,我们使用外显子组/靶向高通量测序用于基因组变异(单核苷酸变异,小探针等),RNA-Seq用于转录组改变(差异表达,新转录本鉴定等),甲基化测序(DREAM,亚硫酸氢盐测序,MeDIP-Seq)用于DNA甲基化,dna结合蛋白(核层、转录因子、表观遗传修饰因子等)和组蛋白修饰的ChIP-Seq,然后整合这些数据,阐明癌症发生发展的重要分子机制。二是新型计算算法的开发与实现。在与其他生物信息学家的合作下,我们开发了新的方法,如提高RNA-seq的准确性,组蛋白标记关系的统计模型,序列错误校正和深度测序中印迹基因的预测。最近我感兴趣的具体课题包括:(1)表观遗传标记的分布模式及其对生物过程的影响;(2)各种NGS技术的偏差校正; (3) Precise identification of large blocks in ChIP-Seq; and (4) Intra- and inter- platform biological data integration. From my graduate studies, I'm also very interested in algorithm development of multiple protein sequence alignment.

      教育和培训

      授予学位教育

      2008年 德州农工大学,大学城,美国德克萨斯州,生物化学博士
      2002年 北京大学,北京,CHN,BS,细胞生物学和遗传学

      体验和服务

      学术任命

      德克萨斯大学安德森癌症中心表观遗传学和分子癌变学系助理教授,史密斯维尔,德克萨斯州,2012 - 2018

      选定的出版物

      同行评议的文章

      1. Wei Y, Zheng H, Bao N, Jiang S, Bueso-Ramos CE, Khoury J, Class C,陆Y, Lin K, Yang H, Ganan-Gomez I, Starczynowski DT, Do KA, Colla S, Garcia-Manero G.KDM6B过表达激活小鼠先天免疫信号并损害造血功能。血液Adv 2(19):2491-2504, 2018。PMID: 30275007。
      2. 鲍杰,卢梭,沈杰,林科,陆Y贝德福德MT.精氨酸甲基转移酶CARM1抑制P300•ACT•CREMτ活性,是精子发生所需的。核酸RES 46(9):4327-4343,2018。PMID:29659998。
      3. Wood RD, Manandhar M, Lowery M, Boulware KS, Lin K,陆Y.响应于“XPA主要是细胞质但被传输到在UV损伤细胞核”。DNA修复(AMST)62:30-31,2018。E-PUB 2018. PMID:29337160。
      4. Wang L, Koutelou E, Hirsch C, McCarthy R, Schibler A, Lin K,陆Y基特C,沈J,巴顿MC,登特SYR.在早期胚状体分化过程中,GCN5调控FGF信号并激活选择性MYC靶基因。干细胞报告10(1):287-299,2018。e-Pub 2017。PMID: 29249668。
      5. 张丁,Jeter C, Gong S, Tracz A,陆Y沉Ĵ,唐DG.保留组蛋白2B-GFP标记的前列腺腔细胞具有祖细胞特性并对去势具有内在抗性。干细胞报告10(1):228-242,2018。e-Pub 2017。PMID: 29276153。
      6. Napierala JS,李Y,陆Y, Lin K, Hauser LA, Lynch DR, Napierala M.通过RNA测序全面分析弗里德希氏共济失调成纤维细胞的基因表达模式,揭示了蛋白质合成因子和溶质载体水平的改变。中国机械工程,2017,27(11):1353-1369。PMID: 29125828。
      7. Li M, Radvanyi L, Yin B, Li J, Chivukula R, Lin K,陆Y,沈俊,常德泽,李丹,乔宁GL,王乔宁F.在胰腺癌细胞中下调人内源性逆转录病毒K型(HERV-K)病毒外壳RNA会降低细胞增殖和肿瘤生长。临床肿瘤学杂志23(19):592 -5911,2017。e-Pub 2017。PMID: 28679769。
      8. Manandhar M, Lowery MG, Boulware KS, Lin KH,陆Y、木路.XPA破坏在人类细胞系中的转录后果。DNA修复(Amst) 57:76-90, 2017。e-Pub 2017。PMID: 28704716。
      9. Maegawa S,陆Y, Tahara T, Lee JT, Madzo J, Liang S, Jelinek J, Colman RJ, Issa JJ.热量限制延缓了与年龄相关的甲基化漂移。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2017。e-Pub 2017。PMID: 28912502。
      10. 毛勇,沈杰,陆Y,林凯,王浩,李永平,常平,李丹丹.RNA测序分析揭示了胰腺癌中新的差异表达基因和途径。Oncotarget 8(26): 42537 - 42547年,2017年。e-Pub 2017。PMID: 28418924。
      11. 高田KI, Reh S, Yousefzadeh MJ, Zelazowski MJ, Bhetawal S, Trono D, Lowery MG, Sandoval M, Takata Y,陆Y林K,申Ĵ,Kusewitt DF,麦克布莱德KM,科尔女,木材RD.DNA聚合酶在减数分裂重组、免疫球蛋白类转换和DNA损伤耐受性中的功能分析。PLoS Genet 13(6):e1006818, 2017。e-Pub 2017。PMID: 28570559。
      12. 刘成,刘R,张d,邓Q,刘B,超惠普,Rycaj K,高田Y,林K,陆Y,钟勇,沈俊,唐德东.MicroRNA-141通过靶向一组促转移基因抑制前列腺癌干细胞和转移。Nat Commun 8:14270, 2017。e-Pub 2017。PMID: 28112170。
      13. Chen X, Li Q, Liu X, Liu C, Liu R, Rycaj K, Zhang D, Liu B, Jeter C, calhhun - davis T, Lin K,陆Y,超惠普,沉Ĵ,唐DG.定义一种能产生和传播抗去势前列腺癌(CRPC)的干细胞样人类前列腺癌细胞群。临床肿瘤杂志22(17):4505- 16,2016。e-Pub 2016。PMID: 27060154。
      14. Atanassov BS, Mohan RD, Lan X, Kuang X,陆Y, Lin K, McIvor E, Li W, Zhang Y, Florens L, Byrum SD, Mackintosh SG, Calhoun-Davis T, Koutelou E, Wang L, Tang DG, Tackett AJ, Washburn MP, Workman JL, Dent SY.ATXN7L3和ENY2坐标活性的多个H2B氘蛋白酶对于细胞增殖和肿瘤生长很重要。Mol Cell 62(4)(4):558-71,2016。E-PUB 2016. PMID:27132940。
      15. 王丽丽,王丽丽,王丽丽,王丽丽。陆Y卡布雷拉AP,Chosed RJ,李伟,李B,石X,木RD,登特SY.组蛋白H3K4甲基化通过直接结合Mad2调控纺锤体组装检查点失活。基因工程学报30(10):1187- 97,2016。e-Pub 2016。PMID: 27198228。
      16. Kim J, Zhao H, Dan J, Kim S, Hardikar S, Hollowell D, Lin K,陆Y,沈俊,陈涛.母体Setdb1对小鼠减数分裂进程和着床前发育是必需的。PLoS Genet 12(4):e1005970, 2016。e-Pub 2016。PMID: 27070551。
      17. 张东,朴东,钟毅,陆Y,Rycaj K,宫S,陈X,刘X,超惠普,惠特尼P,卡尔霍恩 - 戴维斯T,高田Y,沉Ĵ,艾耶VR,唐DG.干细胞和神经源性基因表达谱将前列腺基底细胞与侵袭性前列腺癌联系起来。Nat Commun 7:10798, 2016。e-Pub 2016。PMID: 26924072。
      18. 队长,刘波,陆Y,赵惠平,张丹,刘旭,陈旭,李强,李强,严磊,胡强,王静,沈静,刘胜,唐dg.NANOG通过动态抑制和参与AR/FOXA1信号轴重新编程前列腺癌细胞,使其抗去势。Cell Discov 2:16041, 2016。e-Pub 2016。PMID: 27867534。
      19. 李Y,陆Y, Polak U, Lin K, Shen J, Farmer J, Seyer L, Bhalla AD, Rozwadowska N, Lynch DR, Butler JS, Napierala M.扩大的GAA重复序列通过FXN基因抑制转录伸长,并诱导局限于FXN位点的转录沉默。中国生物医学工程学报,2015,30(4):531 - 534。e-Pub 2015。PMID: 26401053。
      20. Abba MC,龚T,陆Y, Lee J, Zhong Y, Lacunza E, Butti M, Takata Y, Gaddis S, Shen J, Estecio MR, Sahin AA, Aldaz CM.高级导管癌原位的分子画象。Cancer Res 75(18):3980-90,2015。E-PUB 2015. PMID:26249178。
      21. 山崎Ĵ,耶利内克Ĵ,陆Y, Cesaroni M, Madzo J, Neumann F, He R, Taby R, Vasanthakumar A, Macrae T, Ostler KR, Kantarjian HM, Liang S, Estecio MR, Godley LA, Issa JP.TET2突变影响慢性粒细胞白血病增强子和转录因子结合位点的非cpg岛DNA甲基化。中国生物医学工程学报,2015,33(4):457 - 461。e-Pub 2015。PMID: 25972343。
      22. 马海峰,李军,王辉,林凯,李军,王辉,林凯。陆Y, Yang Y, Sun B, Gong Y, Lee JS, Konopleva M, Andreeff M, Arlinghaus RB, Cai Z, Fang B, Shen H, Han X, Hirsch-Ginsberg CF, Gao X, Paranjape AN, Mani SA, Clise-Dwyer K, Sun X.酪氨酸激酶抑制剂诱导BCR-ABL +急性淋巴细胞性白血病间充质干细胞介导的抗性。血液125(19):2968-73,2015年电子公布2015 PMID:25712988。
      23. 秦涛,斯杰,Raynal NJ, Wang X, Gharibyan V, Ahmed S, Hu X, Jin C,陆Y, Shu J, Estecio MR, Jelinek J, Issa JP.切提布和白铂衍生物之间的表观遗传协同作用。Clin Epigenetics 7(1):97,2015。E-PUB 2015. PMID:26366234。
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      25. Kim J, Singh AK, Takata Y, Lin K, Shen J,陆Y,kerenyi ma,Orkin sh,陈t.LSD1通过调节CDC25B表达在小鼠卵母细胞减数分裂过程中起重要作用。Nat Commun 6:10116, 2015。e-Pub 2015。PMID: 26626423。
      26. Simper MS, Rundhaug JE, Mikulec, Bowen R, Shen J,陆YLin K, Surh I, Fischer SM.前列腺素E2的EP4受体在小鼠皮肤中的促肿瘤活性。acta photonica sinica, 2018, 37(8): 1405 - 1405, 2014。e-Pub 2014。PMID: 25034079。
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