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      谊文陈形象

      谊文陈

      生物信息学与计算生物学系,基础科学部

      现在的头衔和隶属关系

      主要任命

      德克萨斯大学安德森癌症中心定量科学部生物信息学和计算生物学系助理教授

      德克萨斯大学生物科学与计算生物学系,休斯敦医学博士,安德森癌症中心

      乐动体育LDsports中国研究兴趣

      通过综合计算和多组学(基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学)的方法,我的团队的长期目标是破译rna介导的癌症发病机制,重点是基于rna的基因调控

      在肿瘤(例如癌症干细胞)和免疫细胞中。在转译研究方面,我的小组的目标是识别可能起乐动体育LDsports中国作用的rna

      作为靶向治疗和免疫治疗的预测性生物标记物,以及

      基于rna的靶向和免疫疗法,用于治疗难以治疗的癌症类型

      如胶质母细胞瘤(GBM)、非小细胞肺癌(NSCLC)和三阴性乳腺癌(TNBC)。

      教育和培训

      授予学位教育

      2007 美国北卡罗来纳大学教堂山分校,物理学/生物物理学博士
      2000 复旦大学,上海,中国,理学士,物理学

      研究生培训

      2009 - 2015 乐动体育LDsports中国哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所研究员
      2007-2009 乐动体育LDsports中国哈佛医学院研究奖学金,马萨诸塞州波士顿

      体验与服务

      其他的约会/责任

      德克萨斯大学休斯顿健康科学中心和德克萨斯大学安德森癌症中心生物医学科学研究生院常规教员,德克萨斯州休斯顿,2017 -至今

      荣誉与奖励

      2013 美国国立卫生研究院(NCI) K99/R00独立路径奖
      2006 加州大学圣地亚哥分校理论生物物理学中心(CTBP)旅游奖
      2005 CPRIT国家高级计算基础设施合作组织(NPACI)授予圣地亚哥超级计算机中心(SDSC)10000计算小时访问权限

      选定的出版物

      同行评议文章

      1. 张鹏,何东,徐勇,侯军,潘宝芬,王勇,刘涛,Davis CM, Ehli EA,谭磊,周飞,胡杰,于勇,陈旭,阮TM, Rosen JM, Hawke DH, Ji Z,陈Y.翻译起始基因的全基因组鉴定和差异分析。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2017。e-Pub 2017。PMID: 29170441。
      2. 费特*,陈Y *(合著第一作者),肖T,李W,卡托L,张P,科特MB,鲍登M,李斯特,赵SG,吴Q,冯菲,罗达M,何HH,刘XS,布朗M.全基因组CRISPR筛选确定HNRNPL是前列腺癌依赖调节RNA剪接。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2017。e-Pub 2017。PMID: 28611215。
      3. Shingu T, Ho AL, Yuan L, Zhou X, Dai C, Zheng S, Wang Q, Zhong Y, Chang Q, Horner JW, Liebelt BD, Yao Y, Hu B,陈Y,Fuller GN,Verhaak RG,Heimberger AB,Hu J.Qki缺乏通过下调内溶酶体降解维持神经胶质瘤干细胞在亚理想环境下的干性。国家自然科学基金,2017。e-Pub 2016。PMID: 27841882。
      4. 王勇,侯军,何东,孙敏,张鹏,于勇,陈Y.ceRNAs在癌症中的新功能和机制。基因工程32(4):211-24,2016。e-Pub 2016。PMID: 26922301。
      5. Du Z, Sun T, Hacisuleyman E, Fei T, Wang X, Brown M, Rinn JL, Lee MG,陈Y #(共同通讯作者),Kantoff PW#, Liu XS#.综合分析揭示前列腺癌中一个长链非编码rna介导的海绵调控网络。Nat Commun 7:10982, 2016。e-Pub 2016。PMID: 26975529。
      6. 谢长荣,费特,,陈Y李婷,高烨,王X,孙婷,斯威尼,李国荣,陈S,巴尔克,刘晓思,布朗M,坎托夫.增强rna参与雄激素受体驱动的循环,选择性地增强基因激活。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2014。e-Pub 2014。PMID: 24778216。
      7. 陈曦,Iliopoulos D,张琪,唐琪,Greenblatt MB, Hatziapostolou M, Lim E, Tam WL, Ni M,陈Y, Mai J, Shen H, Hu DZ, Adoro S, Hu B, Song M, Tan C, Landis MD, Ferrari M, Shin SJ, Brown M, Chang JC, Liu XS, Glimcher LH. XBP1通过控制HIF1α途径促进三阴性乳腺癌。《自然》杂志508(7494):103-72014。电子酒吧2014。PMID:24670641。
      8. Lu T, Aron L, Zullo J, Pan Y, Kim H,陈Y, Yang TH, Kim HM, Drake D, Liu XS, Bennett DA, Colaiácovo MP, Yankner BA. 衰老和阿尔茨海默病患者的休息和抗应激能力。《自然》杂志507(7493):448-542014。电子酒吧2014。PMID:24670762。
      9. 杜智,费特,韦哈克,苏智,张毅,布朗M,陈Y #(共同通讯作者),刘欣欣#.整合基因组分析揭示了人类癌症中临床相关的长链非编码rna。中国生物医学工程学报20(7):908- 913,2013。e-Pub 2013。PMID: 23728290。
      10. 嗯,,陈Y李德,李梅,刘晓思,布朗M. c-MYC对雄激素信号的振幅调节。基因发展27(7):734-482013。2013年电子出版物。PMID:23530127。
      11. 兰特SG、马里诺夫GK、昆达杰A、赫拉德普尔P、保利F、巴佐格罗S、伯恩斯坦BE、比克尔P、布朗JB、卡廷P、,陈Y,迪沙佛G,爱泼斯坦C, Fisher-Aylor KI, Euskirchen G,格斯坦M,格茨J, Hartemink AJ,霍夫曼MM,艾耶VR,荣格YL, Karmakar年代,凯利斯M, Kharchenko PV,李问,刘,刘XS,马L, Milosavljevic,迈尔斯RM,公园PJ, Pazin MJ,佩里医学博士Raha D, Reddy TE, Rozowsky J, Shoresh N, Sidow, Slattery M, Stamatoyannopoulos是的,Tolstorukov我,白金平,席舒,法纳姆PJ,利布JD, Wold BJ,施耐德M.ENCODE和modENCODE联盟的芯片测序指南和实践。中国生物医学工程学报,2012,29(9):1321 - 1324。PMID: 22955991。
      12. 陈Y, Negre N, Li Q, Mieczkowska JO, Slattery M, Liu T, Zhang Y, Kim TK, He HH, Zieba J, Ruan Y, Bickel PJ, Myers RM, Wold BJ, White KP, Lieb JD, Liu XS. 系统评估影响芯片序列保真度的因素。Nat方法9(6):609-142012。电子酒吧2012。PMID:22522655。
      13. 唐问,陈Y王强,刘涛,张勇,Brown M,刘学森.核受体癌顺间体的综合观点。中国生物医学工程学报,2017,29(4):457 - 461。e-Pub 2011。PMID: 21940749。
      14. 倪M *,陈Y *(合著者),Lim E,Wimberly H,Bailey ST,Imai Y,Rimm DL,Liu XS,Brown M. 雌激素受体阴性乳腺癌中的雄激素受体靶向治疗。癌细胞20(1):119-311011。PMID:21741601。
      15. 陈Y,刘涛,李伟,刘俊生,刘学森. MM芯片支持跨平台和实验室芯片或芯片序列数据之间的集成分析。基因组生物学12(2):R1112011。电子酒吧2011。PMID:21284836。
      16. 刘涛,Ortiz JA, Taing L, Meyer CA, Lee B, Zhang Y, Shin H, Wong SS, Ma J, Lei Y, Pape UJ, Poidinger M,陈Y,杨克,布朗M,图尔帕兹Y,刘XS.顺顺体:转录调控研究的综合平台。中国生物医学工程学报12(8):r83,2011。e-Pub 2011。PMID: 21859476。
      17. Petrotchenko EV, Xiao K, Cable J,陈Y,内华达州多克林,博尔彻斯.BiPS是一种用于结构蛋白质组学的光裂解、同位素编码的荧光交联剂。细胞蛋白质组学8(2):273- 86,2009。e-Pub 2008。PMID: 18838738。
      18. 陈Y,内华达州多克林.自然选择对抗酵母、苍蝇和蠕虫自相互作用和必需蛋白质的聚集。中国生物医学工程学报,2017,30(6):643 - 646。e-Pub 2008。PMID: 18503047。
      19. 陈Y,坎贝尔SL, Dokholyan NV.使用明确的结构取样和选择从核磁共振数据破译蛋白质动力学。acta botanicopsis (botanicopsis) sinica(云南植物学报),2012,30(6):531 - 534。e-Pub 2007。PMID: 17557784。
      20. Serohijos啊,陈Y, Ding F, Elston TC, Dokholyan NV. 结构模型揭示了动力蛋白的能量传递。美国科学院学报103(49):18540-52006。电子酒吧2006。PMID:17121997。
      21. 陈Y,内华达州多克林.酵母蛋白的协调进化受到功能模块性的制约。中国生物医学工程学报22(8):416- 9,2006。e-Pub 2006。PMID: 16797778。
      22. 迪克森RD *,陈Y *(共同第一作者),Ding F, Khare SD, Prutzman KC, Schaller MD, Campbell SL, Dokholyan NV.基于FAT域折叠中间体检测的FAK信号和定位新见解。结构12(12):2161 - 71年,2004年。PMID: 15576030。
      阅读更多
      较少的

      赠款和合同支助

      标题: 大规模非编码RNA功能网络的一种综合分析方法
      资金来源: NIH / NCI
      角色: 首席研究员

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